Есть один консервативный выход
Выбирай кодек без сжатия и видео и аудио.
Ну и далее кодировщиком типа Xilisoft HD Video Converter 6
http://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=3481977
Уже в нужный тебе формат. Частоту кадров только одинаковую везде ставь. Против двойных контуров