стандартное видео 50 фпс у тебя
настройки сиквенса
http://img-fotki.yandex.ru/get/6425/..._fb8d41b3_orig
настройки вывода (ну и хрень в премьере это)
http://img-fotki.yandex.ru/get/4127/..._41abb915_orig
upd: нельзя выводить видео в не кратном фпс. из 50 можно выводить только 25, из 60 (59,97) можно только 30 (29,97) если ты не хочешь получить фрейм блендинга что на твоем видео. Причина - не существует на данный момент ни одного способа пересчета с сохранением одновременно четкости контуров и непрерывности движения объектов - либо тайм ремапом это делается, либо выкидывание кадров.
upd2: при 25 фпс появляется небольшой строб из исходника 50 фпс - у тебя выдержка слишком короткая. По идее выдержка должна быть всегда 50 или 100 для 50 фпс, но в триале можно и чуток покороче.
То что у тебя на видео - может появится и при правильной настройке сиквенса, и при правильном выводе, а потом просто идет следом кодировщик который кодирует в 30фпс. Все, он тебе срежет до 25 фпс и достроит 5 фпс на блендинге, конутры которых ты и видишь.